Прошло два года. Тихоня Питер Паркер продолжает неравную борьбу со своим даром и одновременно – проклятьем. Он понимает, что если его тайна будет раскрыта, то взаимоотношения со всеми, кто ему дорог, могут быть в одночасье уничтожены. Его страсть к Эм Джей становится всё сильнее, и он постоянно сражается со своим желанием раскрыться ей и признаться во всём. Внезапно Питер оказывается лицом к лицу с новым опасным врагом – Доктором Отто Октавиусом. Питер должен использовать все свои силы и возможности, чтобы остановить этого дьявольского маньяка!
Фильм рассказывает о неистовом и романтичном прошлом Росомахи, его сложных отношениях с Виктором Кридом и о зловещей программе Оружие Х. При этом Росомаха встречается со многими мутантами, уже знакомыми и новыми, и узнает несколько легенд о мире Людей Икс.
Людям Икс, во главе с профессором Чарльзом Ксавьером, приходится вступить в битву с самой эволюцией в лице их воскресшего товарища по команде… Джин Грэй, возрожденная в облике Темного Феникса, представляет опасность не только для самой себя, но и для мутантов и для всей человеческой расы.
Мутанты продолжают борьбу против общества, которое страшит их, и которому они не доверяют. Их положение становится еще более отчаянным, когда они подвергаются мощной атаке неизвестного противника, обладающего экстраординарными способностями.
